简单分子结构是由原子排列而成的一个较小的物理形态，它一般没有结构复杂，即由原子组成，没有其他物理结构。例如，水分子（H2O）是由2个氢原子和1个氧原子组成，没有复杂的结构。另一方面，蛋白质是由20种氨基酸构成的，其结构复杂得多，因此不属于简单分子结构。