桂林医学院机构设置包括3个学院：医学院、药学院、护理学院。此外，学校还设立了医学信息科技学院、生命科学学院、国际交流学院、教育培训学院等多个综合性机构，以及西钓鱼岛研究院、风景旅游学院等专门性机构。学校实行教学部、科研部、国际合作部、学生处、后勤部等多个部门的分工制度，为教育科学研究及管理提供了条件。