明朝南京城都发黄的原因可能是由于城市建筑材料的使用和环境污染等因素导致的。南京城建筑多使用黄土和石灰等材料，长期风吹日晒，加上城市内外的烟尘、尘土等污染物质，导致城墙、建筑物表面发黄。此外，南京城内还有许多烟熏火燎的作坊和烟囱，也会加剧城市环境的污染。