大连海事大学的自动化专业和太原理工的机械设计及其自动化专业都是两所学校的重要专业之一,具体哪个更好需要从多个方面进行比较。首先,从历史沿革方面来看,大连海事大学的自动化专业成立于1972年,具有较长时间的历史背景。而太原理工的机械设计及其自动化专业则是由原山西矿业学院机械电子工程系矿山机械专业和原材料工程学院轻工机械系组成,成立于1998年。其次,从学科建设和师资力量方面来看,大连海事大学的自动化专业具有博士学位的有6人,博士研究生导师1人,硕士研究生导师9人。而太原理工的机械设计及其自动化专业则有教职工20多名。最后,从荣誉和地位方面来看,大连海事大学的自动化专业在2009年被评为国家级特色专业,而太原理工的机械设计及其自动化专业则未提到是否有相关荣誉。综上所述,大连海事大学的自动化专业在历史沿革、学科建设和师资力量等方面略占优势,但太原理工的机械设计及其自动化专业也是一所在一定领域内具有较高水平的学科。选择哪个更好还需要根据个人需求和兴趣来判断。