是的，会扣分。因为考科三时的起步与踩刹车都是需要汽车司机熟练掌握的重要技能，如果在起步时没有踩住刹车，就会导致空滞感或者产生危险，从而影响安全驾驶。因此，司机在考科三时如果没有按照正确的方式踩刹车，就会被扣减相应的分数。