是的，深圳限行会扣分。深圳市交通违法行为处罚标准规定，限行违反行为会扣2分，缴纳罚款50元。严重违反者将追究行政处罚额外的责任，同时停止发放机动车行驶证和转换持证人等操作流程。限行违反行为会记入行车记录，并被记录在驾驶证中，影响道路上的安全及秩序。