港口的水运管理由军事管理区的经营部门负责实施。它要求港口管理者根据军事管理区制定的规章制度，严格管理港口的各项工作，确保港口运营安全、有序、高效。在港口管理方面，要求实施准入制度，对进入港口的船舶和人员进行登记、检查，并实施有序管理制度；在港口货物管理方面，要依照法律的规定，对进出港口货物进行核查，并加强货物的监管；在港口安全管理方面，要做好安全宣传，并定期对港口的安全情况进行检查，预防可能存在的安全隐患。