沈阳工程学院目前共设有7个硕士点，分别是：材料加工工程、自动化、电子信息工程、机械设计及理论、建筑学、土木工程及力学以及应用化学。其中，材料加工工程专业是国家一流本科专业和省部共建的重点学科，而应用化学是省重特色优势重大开放试验性实验教学中心。此外，该校还在土木工程及力学方向开设了“南洋-沈阳大地测量”的国家一流特色专业。