流程图中的部门通常用矩形框表示，框内写明部门名称或部门编号。这样可以清晰地展示流程中各个部门的职责和作用，方便流程的管理和优化。同时，矩形框也可以用不同的颜色或图案来区分不同类型的部门，使流程图更加直观和易于理解。