上海海事大学的重点学科包括交通运输工程、船舶与海洋工程、海洋科学、海洋技术与装备、海洋资源与环境、海事管理等。其中，交通运输工程、船舶与海洋工程、海洋科学等学科在国内外具有较高的学术声誉和影响力，排名较为靠前。同时，上海海事大学也在不断加强其他学科的建设和发展，力争成为国内外一流的海事大学。