科二倒库超线扣分标准是从6分开始的，每超过1m就扣1分，最多每次扣3分，最高可以扣8分。扣分理由是因为超过超线会对余留在倒库口的其他司机造成危险，违章行驶可能会影响道路正常交通顺利，也会严重影响驾驶人的安全。因此，科二倒库超线行驶会被严格惩罚。