5-HT3主要结构类型是多离子通道蛋白质。它包括一个α亚基和五个β亚基的组合，它们相互作用，形成五个钾离子通道。由于α亚基和β亚基都含有受激性氨基酸，因此5-HT3受到5-羟色胺的调节，可影响神经传递的耦合差异。5-HT3通道对大量药物有高度敏感性，它们可以调节神经细胞在海马体、垂体、小脑、脊髓和传入的信息中的信号传递，从而影响药物处方。