第二次机器人大战商店出现在游戏的第8，第20和第40关。第8关是一个小型商店，玩家可以购买基本的武器和护甲，以保护自己不受敌人的伤害。第20关中，商店里拥有进阶的武器和护甲，提供更强大的保护能力。而第40关中，商店配备了一些高级武器和护甲，可以增加玩家的攻击能力，提升攻击力，有助于赢得游戏。