我个人的总结和理解如下：
帝司一直以来所做的事情是注视和观察着诸界的发展与毁灭，剧情最后出现的虚空中的根系和其上的光球就是诸界发展的各种各样的可能性（或者通俗点说是各条世界线）。
在帝司眼里，万事万物都是重演和循环（也许就是莫比乌斯环），所有事情的可能性他都可以看到算到，他甚至有能力选择让某种可能性注定发生。但他想要的是一种新的可能性，一件他算不到的事情，一个他无力掌控的发展方向。而小画家，就是那个能创造新的可能性的人，因为“我”拥有创造之力。
卡组是一条if线，这条线里小画家被帝司算计搞到了帝国这里做对照实验，因为他想看小画家和司岚之间能不能创造出新的可能性。帝司对小画家和之前叛变被抓的一代神选者同时进行了重组，可以理解为实验最开始要回归初始量设置，小画家是一个被投入的新参数，作为自变量，而神选者司岚和随后发生的一切都是因变量。
小画家和神选者重组后就被帝司投入到了帝国，剧组里的往事就是从这里开始。二代神选者重复了一代神选者所做的事情：背叛祂，探究祂。等他搞明白帝司真正的目的时已经来不及了，所以他只能选择让小画家杀掉自己收割自己的情感与能量，然后用这股能量创造新的司岚——就是剧情现在时间线里的神选者三代司岚。这个司岚是由小画家创造的，全新的，不是曾经的任何一个司岚——这就是小画家要向帝司证明的：她创造出了“新的可能性”。小画家以此为由向帝司争取时间，帝司为了见证小画家创造新的可能性，默许了小画家所做的这一切。
时光飞逝，第三代神选者长大后，小画家过来接他到帝国，准备帝司降临见证她创造出的这一切，这就是剧情的开头。
因为是小画家创造了三代神选者，所以小画家和第三代神选者之间有联系。又因为三代神选者和帝司同为司岚、帝司降临到了第三代神选者身上，所以第三代神选者和帝司也有联系。因此小画家得以通过这种联系窥探到了帝司的真容，并努力打破了他们所处的这个世界，成功进入虚空，看到了根系上的光球——也就是世界发展的种种可能性。这种种可能性在帝司眼里，都只是他做的“新的可能性”实验所收集到的数据罢了。（以世界的演化可能性作为研究对象，帝司不愧是你。）
小画家和神选者司岚们不愿意作为实验的参数和数据而存在，他们认为自己是活生生的人。所以小画家用最后的力量毁灭了他们所在的这一支可能性，（相当于毁了一串实验对照组及其数据吧，）宁愿自我毁灭也不做他人手中的玩物。