山东农业工程学院的专业包括：农业机械化及其自动化农业电气化与自动化农业建筑环境与能源工程农业水利工程农业资源与环境农业信息化农业生物环境与能源工程农业水土工程农业生产环境与装备工程植物保护农业水利土木工程林业工程园艺动物科学畜牧兽医工程生物科学食品科学与工程水产养殖学草业科学生态学生物技术以上是山东农业工程学院的主要专业，具体以学校官网为准。