母猫生畸形小猫的原因主要有以下几种：基因遗传，母猫可能携带某种疾病的隐性基因；在怀孕期间，猫咪营养不良，没有充足营养供胎儿发育生长；猫咪怀孕期间，感染某些疾病或中毒，比如寄生虫、病毒感染、药物中毒等，都会导致胎儿畸形。