【22 天大K】22 天入门生物信息
【9 天大K】全长转录组及可变剪接分析
【18 天大K】基因组与比较基因
【16 天大K】重测序与群体遗传专题
【18 天大K】R 语言与生物信息出版级绘图
【26 天大K】机器学习在生物医学中的应用
【7天大K】细菌真菌基因组专题
1.Linux 基础、Singularity 容器的使用
2.R 语言基础
3.测序原理
全长转录组概述
1.全长转录组测序原理
2.全长转录组分析方法、软件、流程
3.全长转录组文献解读第二天准备
1.准备测序数据
2.从 AWS 下载原始 sam 格式测序数据
3.准备参考基因组(如果有)
4.使用 conda 和 singularity 安装软件
微生物基因组组装
1.基因组组装原理
2.细菌基因组组装
使用 SPAdes 组装二代数据,canu 组装三代数据
3.真菌基因组组装 canu 组装三代数据正在上传..
4.组装结果与基因组完整性
使用 BUSCO 和 QUAST 从不同角度分析基因组完整性
微生物基因组注释
1.细菌基因组注释使用 prodigal 和 prokka
2.真菌基因组注释
使用 Augustus 进行有模型的注释,使用 maker, snap 进行无转录本无 HMM 模型参考的注释
3.非编码基因注释
使用 cmscan, tRNAscan-SE 注释非编码 RNA 和 tRNA 假基因
4.蛋白质功能注释
结合 blastp, diamond, eggnog (COG, KEGG, Pfam) 工具,nr, CAZy, merpos, P450, PHl, CARD 等数据库和 TMHMM, SignalP, TargetP 对蛋白质功能和结构性质进行注释
【9 天大K】全长转录组及可变剪接分析
【18 天大K】基因组与比较基因
【16 天大K】重测序与群体遗传专题
【18 天大K】R 语言与生物信息出版级绘图
【26 天大K】机器学习在生物医学中的应用
【7天大K】细菌真菌基因组专题
1.Linux 基础、Singularity 容器的使用
2.R 语言基础
3.测序原理
全长转录组概述
1.全长转录组测序原理
2.全长转录组分析方法、软件、流程
3.全长转录组文献解读第二天准备
1.准备测序数据
2.从 AWS 下载原始 sam 格式测序数据
3.准备参考基因组(如果有)
4.使用 conda 和 singularity 安装软件
微生物基因组组装
1.基因组组装原理
2.细菌基因组组装
使用 SPAdes 组装二代数据,canu 组装三代数据
3.真菌基因组组装 canu 组装三代数据正在上传..
4.组装结果与基因组完整性
使用 BUSCO 和 QUAST 从不同角度分析基因组完整性
微生物基因组注释
1.细菌基因组注释使用 prodigal 和 prokka
2.真菌基因组注释
使用 Augustus 进行有模型的注释,使用 maker, snap 进行无转录本无 HMM 模型参考的注释
3.非编码基因注释
使用 cmscan, tRNAscan-SE 注释非编码 RNA 和 tRNA 假基因
4.蛋白质功能注释
结合 blastp, diamond, eggnog (COG, KEGG, Pfam) 工具,nr, CAZy, merpos, P450, PHl, CARD 等数据库和 TMHMM, SignalP, TargetP 对蛋白质功能和结构性质进行注释