元朝大运河南水北调工程路线的优势在于其经过了丰富的水资源地区，能够为北方干旱地区提供充足的水源，同时也能够连接南北方的贸易和交流。此外，这条运河还促进了当时的经济发展和文化交流，对中国历史和文化的发展都有重要的影响。