专项附加扣除赡养老人指定与约定的区别在于，指定是指纳税人向税务部门提交相关赡养老人证明材料并进行扣除，而约定是指纳税人在与单位签订劳动合同时，在合同中约定赡养老人的情况，并由单位代扣代缴。指定实行个人责任，提交材料齐全可以获得扣除；约定实行单位责任，需要在与单位签订劳动合同时进行约定。