两独立样本t检验是比较两组互相独立的样本均值是否有显著差异的方法，而两配对样本t检验则是比较同一组样本在两个不同时间或条件下的均值是否有显著差异的方法。两者的不同之处在于样本是否独立。在两独立样本t检验中，样本之间是相互独立的；而在两配对样本t检验中，样本之间存在一定的相关性。