南水北调工程是一个把长江流域的水源通过中线和东线引向黄河和淀山湖的工程，主要沟通了以下几个水系：1. 长江水系：南水北调中线引水工程的水源地为长江干流，将在湖南省岳阳市零陵山脉地带的七里山、洪山、永乐山、岳阳楼山上建立四个水库，如鄱阳湖、洞庭湖等水域源头引来长江水并经过提净处理后引至北方。2. 淮河水系：南水北调东线工程主要引水自江苏省徐州市邳州市永安渠口，以及淮河干流和清淮运河等河道。3. 黄河水系：南水北调中线、东线工程将补充灾害区人畜饮用水，加强和保障黄河流域的生态环境和产业发展。4. 京杭运河水系：南水北调东线工程还将与长城相连的京杭运河连接起来，解决这条运河的供水问题。以上是南水北调工程主要沟通的水系。