基于STC89C52RC单片机的数码管秒表软件流程图大致分为：初始化系统，设置定时器，按键扫描，读取按键状态，更新计数器数据，判断计数器是否达到预设时间，显示计数器数据和清零计数器等几个步骤。具体流程需要根据实际的功能需求和硬件电路设计进行调整和优化。