高中的引物设计依据主要是质粒DNA片段、RNA分子、DNA复制子和多种分子相互作用等。其中，根据质粒DNA片段高低度重复，可以选择不同长度和碱基组成的引物；根据RNA分子的结构变化，可以设计抗内切酶的引物；而在较大的分子中，可以设计抗介体的引物。此外，由于引物的特殊结构，还可以设计单链引物、双链引物以及“平行”双链引物等。子引物不仅可以设计用于高中，还可以应用于基因的组织表达和调控研究，实现对整个基因组的识别和测定。