企业微信中，休息日加班申请自动扣除午休的方法如下：在企业微信中，进入“我”的页面，点击“设置”按钮，找到“应用管理”选项，进入“应用中心”页面。在“应用中心”页面中，搜索“考勤管理”应用，打开该应用。进入“考勤管理”应用后，点击“考勤设置”按钮，找到“加班规则”选项，进入加班规则设置页面。在加班规则设置页面中，找到“休息日加班”选项，点击“编辑”按钮，进入休息日加班设置页面。在休息日加班设置页面中，找到“取消午休”选项，将其开启。此时，在休息日加班申请时，系统会自动扣除午休时间。设置完成后，点击“保存”按钮即可。需要注意的是，此功能需要管理员权限才能进行设置，而且在使用时，需要事先确认公司的规定和政策，以免出现误操作或不当使用导致的问题。