杭州医学院的院长是马云明教授。马云明教授出生于1959年，毕业于浙江大学医学院，获医学士学位；1988年，在浙江大学获博士学位；1991年，赴美国普渡大学形态学研究所进行博士后研究；1995年回国任责任编辑；2000年被聘为杭州医学院副院长；2005年任教授、博士生导师；2009年被聘为复旦大学复旦大学校长；2011年，被杭州医学院任命为院长，2016年被任命为全国政协委员。