北京联合大学有14个硕士点，它们分别在理学院、经济与工商管理学院、法学院、教师教育学院、文学院、历史文化学院、国际文化学院、体育学院、外语学院、财政金融学院、传媒艺术学院、信息科学与技术学院、计算机科学与技术学院、医学院，涵盖了生物科学、植物科学、数学、物理学、化学、天文学、心理学、政治学、经济学、法学、教育学、文学学、历史学、外国语言文学、体育学、传媒艺术学、材料科学、计算机科学与技术、临床医学、口腔医学等多学科。