银杏水杉的种子具有圆椭圆形、黑褐色及较大的外观特征。它们的卵形种子通常长5到10毫米，宽2到4毫米，表面可以看到几条纵向纹理。内部有一种浓稠的淡棕色果胶，这是银杏水杉生殖结构的主要成份。这些种子被固定在其穗状花序上，每个花序上有50到100颗种子。种子由一层剥裂皮囊包裹，形成的质地坚韧，因此不容易被破坏。