《神奇校车地球内部探秘》的主要内容是教育孩子们了解地球内部的构造和地壳运动原理，包括地球内部结构、地震、火山和板块构造等地理科学知识。在故事中，神奇校车带着学生们穿过地壳进入地球内部，经历了一系列奇妙的探险，让孩子们在玩乐中学习地理知识，激发他们对科学的兴趣和探索精神。