细胞质遗传物质可以影响生物的特征。它们通常包括非编码RNA或抗原，以及能够改变基因表达的其他因素。它们可以通过直接作用于基因组来改变基因的表达，或者控制基因表达的调控机制，例如改变DNA甲基化水平，影响RNA聚合物的活性，或直接影响蛋白的翻译。细胞质遗传物质也可被细胞与细胞之间的交流所影响，促使一细胞分化为另一细胞。例如，RNA可以影响细胞的重编程和分化，从而影响正常的发育及细胞的功能。细胞质遗传物质还可以在基因表达上产生范围很广的影响，包括改变细胞的组织构成、新空间架构的形成、基因组的稳定和染色体重组，以及影响细胞复制、调控和分化。