不需要付钱。因为上海市高中毕业生参加高考都是免费的，所以上海高考小三门也是免费的。但是，参加高考需要缴纳一定的考试费用。根据有关规定，上海市高中毕业生参加高考时，上海市教委应向参加考试的学校开具补助支出款，从而统一收取考试费用，为考生免除总的考试费用。