电子商务项目事后审计的内容主要包括：检查项目费用、成本、绩效、质量、进度等计划的实际状况，以及项目的实施流程是否与计划、控制程序中的要求一致；评估项目的成功因素，其中包括项目管理决策是否正确，及政策、程序的实施是否有效；检查风险识别、管控和管理措施是否在项目实施时有效；分析项目变更对项目成本、质量和进度的影响；评估IT系统对企业业务流程的支持情况；建立并强化有效的内部控制体系，最大化确保项目所花费的资源的有效性。此外，审计还将针对电子商务项目的具体需求，检查相关协议、合同实施情况，检查项目环境、条件及项目前期准备是否完善，检查从事项目管理的人员是否可靠，以及收集开支费用的账户情况，以便确保项目顺利安全地实施。