如果预包装食品证件齐全但出现了问题，超市仍然有责任。超市作为销售商，必须确保所销售的产品符合相关的安全标准，并且没有任何潜在的危险。如果消费者发现了任何问题，超市应该立即采取行动，包括停售、召回等措施，并负责任地处理消费者的投诉和索赔。