亭湖区有三个乡镇，分别是车墩乡、林港街道和奈河乡。车墩乡位于盐城市亭湖区的中心位置，地理位置优越，水系发达，面积0.83平方公里，是一个有着龙江、鸭湖，以及源远流长的中草药文化和非物质文化遗产的大本营，拥有中国小康村的美誉。林港街道位于盐城市亭湖区的西部，总面积1.60平方公里，是亭湖区制治社会稳定最先进的地块，拥有较高水平的经济和文化发展。奈河乡位于盐城市亭湖区的西南部，总面积16.49平方公里，是航海活动的重要地段。由于乡村改革，乡村美景得以保留，京江河畔旅游度假区也形成。亭湖区还拥有15个街道，分别是胡集街道、何桥街道、南门街道、荡口街道、五里洼街道、穆家口街道、汊沽口街道、湖广街道、仇集街道、苏庄街道、管店街道、金堤街道、安仁街道、横畈街道和郭庄工业园。