毓秀校区是陈经纶中学的另一个分校区。毓秀校区于2016年9月正式投入使用，位于北京大兴团结湖镇北辰西里12号。该校区拥有完善的办学设施，建筑面积达到24000平方米，拥有24个教学班、6个体育场，还建有教师宿舍、多功能礼堂、书法社、乐器室、义工室等。校区里设有中外合作教育研究中心，能够更好地把中西文化结合起来，向学生推广更加有意义的文化。整个校区以安全、文明为原则，营造了一个优质的学习环境。