日本水俣病事件中的主要污染物是汞。该污染物是由于当地工厂释放至海域中的汞含量超标，造成周边海水和动物植物中汞含量增加，最终引发日本水俣病的大爆发。汞的毒性主要体现在其长期累积，它可以穿透皮肤进入人体，分解为有毒的汞离子，对人体器官造成重大伤害。此外，汞还可能通过食物链、大气以及水体等多种途径进入生物群体，破坏生态系统稳定，对人类健康产生不利影响。