治理结构和内部机构区别如下：1、公司治理结构，指为实现公司最佳经营业绩，公司所有权与经营权基于信托责任而形成相互制衡关系的结构性制度安排。依照拟人化原则，一个企业如同一个人，全体股东投资成立有限公司形式的企业法人，董事会是企业的“大脑”，总经理是企业的“心脏”，总经理辖制的各部门是企业的“五脏六腑及肢体器官”，监事会是企业的“免疫力系统”，公司治理结构则是企业的“神经系统”。2、组织内部结构：指组织各要素的排列组合方式，是组织各部门、各层次所建立的一种人与人、人与事的相互关系，是组织根据其目标和规章而采用的各种组织管理形式的统称，一般包括纵向层次结构、横向部门结构和整体组织体制。