先是会尝试用魔力重组身体，魔力不够的话就会因魔力不足而魔女化变成悲叹之种呗

这样就变成量子幽灵了

不清楚衍生作或者外传里有没有提到过类似的情况，但以下是我个人的脑洞：
就彻底没有意识也没法恢复身体了，像卡bug结果毁存档了一样
身体离灵魂宝石100米开外（魔法少女失去意识）->身体彻底销毁（身体仍然不在附近，魔法少女仍然没有意识）->整个人只剩一块没有意识的石头
至于这种情况下需不需要消耗魔力我就不清楚了，需要的话就过段时间魔力耗尽然后正常变魔女（除非有人一直在旁边用悲叹之种帮她净化），不需要的话就一直是块石头了

不知道。我不知道魔纪有没有类似设定。
所以这种问题只能用比较厉害的同人文设定解释。
1.不会。在《飞向星空》，这甚至是阻止魔法少女黑化被圆环之理回收的紧急处理办法。
另外，灵魂宝石可能会尝试夺舍其她已死去的少女或者尝试重组肉身。
2.应该是无意识的灵魂状态吧？

灵魂无意识地存在 肉体无法修复——那和死了没什么区别，还不能转世。过一阵子灵魂意识到什么之后宝石应该会变黑，然后qb业绩就来了