京东分期付款的还款方式主要有两种：1.自动扣款：用户可以在京东分期付款设置中绑定银行卡，每期还款日时系统会自动扣款还款。2.手动还款：用户可以在京东分期付款账户中手动还款，选择银行卡或支付宝等方式进行还款。建议用户提前了解还款日和还款方式，避免逾期费用的产生。