硝化细菌和EM菌都是土壤微生物中的重要成员，对土壤肥力有着重要的作用。硝化细菌可以将氨氮转化为硝酸盐，提供给植物的吸收，而EM菌则能够分解有机物，并能够抑制土壤病菌的生长。两者各有优劣，具体使用取决于土壤的情况和需要。如果土壤中氮素过多，可以使用硝化细菌进行调节，而如果需要改善土壤质量和增加有机质含量，则可以选择使用EM菌。