一般而言，公母巴西龟可以通过外观和性成熟度来分辨。一般来说，公龟的鼻孔及颈部会有一些黄褐色的条纹，而母龟则没有。公龟的脊椎骨头会比母龟大，当公龟性成熟时，其蜕皮会偏黑，并且会有黄褐色和绿色的条纹出现在其身上，而母龟的蜕皮则会呈橙黄色。此外，公龟的尾部会比母龟的尾部高大，而母龟的尾部一般很窄。性成熟后，公龟的指甲会明显变长，比母龟的长得多，但是母龟的指甲会比公龟的宽宽的。还可以通过行为来区分公母巴西龟，比如，性成熟后，公龟对母龟表现出强烈的求偶行为，比如会拖动母龟，利用自己的脊椎来抓住母龟，或者是用自己的腿把母龟牵引等，而母龟则通常会逃避公龟的求偶行为。