拼多多一般会根据商家发货金额和实际支付金额作出定价，因此可能会产生包裹缺少或超重而导致消费者与商家存在纠纷，所以当用户进行退款时，拼多多会扣除部分费用，保证商家的权益。5元就是处理这类纠纷所需的服务费。另外，拼多多退款还会因为下单渠道不同而因收取部分手续费，如微信支付、支付宝支付、银行卡支付等，每个支付平台都有不同的收费规则，但总体来说拼多多会通过自身费率来承担这部分费用。