如果井里有石头，需要及时清理。首先需要将井口覆盖，然后使用工具将石头从井里取出。如果石头太大或太沉，可以使用机械设备进行取出。清理井里石头的过程需要注意安全，避免石头掉落伤人。在井水中发现有石头时，更应该及时清理，以免影响井水品质。同时，定期清理井内杂物也是保证井水卫生和安全的重要措施。