元代时期的农业机构主要有“度支监”和“州刺史”的管理体系。度支监是负责征收和管理税赋的机构，涉及土地、农业、畜牧等方面的管理和调查；州刺史则是地方行政机构，负责管理和调节当地的政治和经济事务，包括农产品的贮存、运输和管理。这两个机构在元代时期统管了大量的农业及相关产业，发挥了重要的决策和管理作用。