北京大学有包含理工、文史、医药卫生、经管法政、艺术等在内的47个系。其中，理工类系有建筑学系、海洋与地球科学学院、地质学系、资源环境学院、航空宇航学院、电子科学与技术系、数学科学学院、物理学系、材料科学与工程学院、机械工程及自动化学院、软件与微电子学院等，文史类系有历史学系、中国语言文学系、外国语言文学系、新闻传播系、哲学系、心理学系、马克思主义学院等，医药卫生类系有公共卫生学院、药学院、医学院、康复医学系等，经管法政类系有经济学院、社会学系、管理学院、法学院、信息管理系等，艺术类系有艺术学系、音乐学院等。此外，北京大学还有7个独立学院，生物学院、植物科学学院、大气科学学院、光华管理学院、计算机科学院、环境科学与工程学院、国际关系学院等，联合学院有中国语言文化研究中心、计算机科学与技术研究中心、国家重点实验室等。