1.毕业后学位不一样
临床医学(5+3一体化)专业毕业后是硕士学位，而临床医学8年制专业毕业后是博士学位，两者毕业学位区别大。前者是本硕连读，后者是本硕博连读。
2.毕业后行医资格不同
临床医学(5+3一体化)专业学生毕业后就能行医，而临床医学8年制专业毕业生却不能行医。
5+3一体化专业在本科毕业后，即进入所读大学与住院医师规范化培训相衔接的3年临床医学硕士学位研究生教育阶段，该专业毕业合格后，可以同时拿到本科、硕士毕业生、学位证、住院医师规范化培训合格证、执业医师资格证等，所以毕业后就可以行医了。这个专业其实是从2015年由原来的7年制临床医学专业调整而来。
临床医学8年制专业属于本硕博连读，该专业总学习时间为八年，一般来说前两年属于理论课程的学习，而后再进行临床专业知识的学习，毕业合格即可获得博士学位。但是，该专业毕业后，还得另外继续参加住院医师规范化培训。
一般来说，住院医师规范化培训时间，本科毕业生需要3年，硕士生需要2年，而博士生的要求则分地区各不相同，大概在1-3年左右不等。
3.高考录取分数不一样
5+3一体化毕业是硕士、8年制毕业是博士学位，高考录取时的分数线肯定会有所不同，总的来说8年制的录取分都会高于5+3一体化的录取分。