1、房屋性质不同：二类经济适用房是针对低收入者而建造的房屋，由国家安排建造，一般采用行政划拨的方式，具有一定的保障性质;而商品房则是由开发商自行建造，面向所有群体出售，不具备保障性质。
2、交易费用不同：二类经济适用房交易时需按照房屋成交价格的3%缴纳土地出让金，但商品房正常出售即可，不需要交土地出让金。
3、优惠政策不同：二类经济适用房可以享受到我国的很多政策;而商品房基本没有什么优惠政策可以享受。