有些是其它人提出了，我整理了一下。原著内容已经完全不记得了，仅讨论电视剧中的情节。
三体人在首次接到地球信号时，有上千个监测站。它们只要利用不同监听站收到信号的时间差就可以定位信号源了，根本不需要地球回信。三体人当时已经有能力发射恒星际探测器了，虽然速度不快。这意味着它们应该也有用于监听信号的卫星，这样甚至足以为信号源，太阳系，拍摄射频波段上的照片。
人肉计算机设定不合理，剧中给了一些诸如“三体人每秒可以举手一万次”之类的解释。但仍然不解决问题，三体人举胳膊的速度比人类快一万倍，在纸上写字的速度就也能快一万倍。对于三体人来说，人肉计算机依然相对低效的。尤其是，计算机设计或制造的复杂之处不在于逻辑门，逻辑门本身非常简单，复杂的是把几千万个逻辑门摆到正确的位置上去。把三千万士兵摆好估计至少要两百年吧。
智子这个东西，“科”已经几乎没了，主要是“幻”，但还是说一说吧。本质上，剧中需要智子足够强大，以阻止人类科技发展；但赋予智子强大能力之后，观众又会想到无数更有效的阻碍人类发展的方法，以至于剧中提供的方法看上去不那么有说服力。尤其是，拖延人类科技发展，只锁定某个具体技术是非常不高明的。搞乱社会秩序、破坏金融体系、减少人口、刺杀关键人物等等，都更全面和有效。
质子展开，然后在上面刻电路。我无法从科学角度接受质子内部可以有“电路”的说法，电路是电子运动的通路，是个宏观的东西。不过我就把它当做是一种更高级的不用电的“电路”吧。剧中没提到，但我一直在考虑质子展开后，构成质子的三个夸克是以什么形态存在的呢？
质子展开后的强度是个迷，有人说它非常脆弱，可以被炸弹击毁，但它却承受了比炸弹要强的多的光压。人类发射的“光帆二号”实验卫星面积只有 32 平方米，就已经可以利用太阳光压进行变轨了。质子展开后的面积可以覆盖整个行星，这是要多大的压力？此外，地球每年有18000到84000颗重于10克的流星落下，三体星在大撕裂后只会更多。质子展开后是如何对付这些流星的？
电视剧提到使用电磁波对智子膜进行支撑，这样三体人至少需要使用整个星球接收到的太阳光的光通量对其进行支撑，以抵消外部太阳光压。就算三体人有这个能力可以提供足够的光能，那么，智子膜之下的光照就应该与外部相同，三体星有如何变得极度寒冷呢？三体人没必要脱水两年嘛。再说智子膜如果可以挡住阳光，应该也可以挡住红外线的。这样把三体星包起来，是无法散热的，就算没有光照应该也不会冷却。
智子在地球展开的时候又不需要电磁波支撑了？既然智子展开后是一面巨大的镜子，不如在日地间展开，挡住地球的阳光。或者在地球背对太阳一面展开成凹面镜，聚焦地球。有人说智子展开后可以用核弹摧毁，但当时地球人根本不知道智子的存在。想想一下，某天晚上去睡觉的时候，天上突然出现一个十倍大的太阳，一个小时后，人都被烤熟了，往哪扔核弹？
智子的设定是可以穿透密封的粒子加速器，找到标靶粒子。以这种能力完全可以做一些更有效的事，比如打断人类受精卵的某个DNA，让人类绝后。
智子在男主的眼睛上投影一个时钟，除了好玩，没任何实用。不如投影一片全黑或全白，让男主失明更有效，尤其可以开车上高速的时候突然打开投影。或者再玩的花一点，在男主阅读资料时进行篡改，从而无法做出正常的科研成果。
智子就算利用其运算能力，破解互联网、数字货币等使用的加密算法，搞崩股市，黑入政府机构散播谣言，都足够搞乱人类社会了，都比它在剧里做的都更有效。
三体人最后派出了 1/10 光速的舰队和近光速的智子。如此推算，三体有能力把一些小型物体加速到比如 2/3 光速左右，所以舰队出发时怎么会不先发射一波导弹？基本上在剧中的2007年，反物质导弹集群就可以轰炸地球了。
最后一条，与科幻没有什么关系。在第 9 集里，男主解释鸡蛋被抽入瓶子的时候说是燃烧消耗了瓶子内的分子，这种解释出现在“科”幻作品里，一下子就拉低了作品的水准。