更新世
企鹅类更新世化石记录仅来自至少三个地域 , 于新西兰晚更新世地层就有冠企鹅属未定种 Eudyptes sp ,福德兰企鹅Eudyptes pachyrhynchus及黄眼企鹅 Megadyptes antipodes的化石记录 , 该处也出土了企鹅的蛋化石。于晚更新世时期南极洲持续扩大 , 巨大的冰架崩溃及大陆性冰原变动 , 把皇帝企鹅局限于严寒的冰块及冰海 , 而阿德利企鹅Pygoscelis adeliae则分布于未冰封的沿海地点 , 阿德利企鹅Pygoscelis adeliae主要是于当地繁殖 , 于阿德利企鹅生活的地方就发现了距今4万年的化石残骸 , 该化石正好就是属于阿德利企鹅Pygoscelis adeliae 。南非的企鹅化石记录也有不少 , Hoedjiespunt Peninsula及布胡山水坝就发现了非洲企鹅(黑脚企鹅)Spheniscus demersus的化石 , 该化石可能是属于晚更新世时期 。
黄眼企鹅及怀塔哈企鹅(Megadyptes waitaha)
