1、东线工程-----稳定为主
以京杭运河航道整治为重点，保持输水能力、北延能力建设及维护以及继续强化沿线环保治理。
2、中线工程-----重点建设
1）、引江补汉完工后，一期工程输水能力提高到130亿；
2）、补水能力建设：上马小江调水、引嘉济汉和引江补汉二期；
3）、启动中线二期，独立的输水线路输水至黄河郑州，极限输水能力为丹江口彻底放弃下行水量，即年调水200--250亿，同步河南库区建设，将燕山水库扩容，蓄水高程增至130米，作为二期中转蓄水库。
3、西线工程-----放弃黄委方案，引通济柴，三江源生态保护和祁连山生态恢复成为主线
曲麻来县下游择址建库，水位4150-4160米，从4100米高程隧道引水至柴达木，年引水量30--50亿；坝址上游通天河段，逐级建设约20--30米矮溢流坝，提高三江源区蒸发量和生态恢复；引通济柴后形成东西两个水库，柴达木水循环逐步良性发展，促进柴达木产业发展和人口承载能力以及祁连山冰川恢复和生态修复。