肠道菌群有多种机制与神经系统联系，肠道菌群会产生可调控大脑的神经递质，且肠道菌群在代谢和能量利用与机体每一个细胞息息相关；肠道菌群对维持肠壁的完整性也至关重要。若肠道菌群出现异常将导致肠壁的溃疡，进而引发炎症，而释放的炎症分子与一些神经性疾病有关。换句话说，肠道菌群的健康会增强机体的免疫系统，肠道菌群在代谢吸收上的作用对维持神经细胞的健康也极为关键，也即肠道的失衡会带给神经细胞一个不佳的环境。
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